Третий сезон этого сериала является продолжением ранее показанного второго, где на капитана Глухарева было совершено покушение и получен приказ о его повышении – звании майора юстиции. В новом сезоне он будет начальником следственного отдела и столкнется с новыми проблемами на службе.

Главные герои «Глухаря» продолжают раскрывать дела с присущим сериалу юмором, не отказываясь от взяток но, несмотря на это, действуя по закону совести и олицетворяя собой хорошую работу органов внутренних дел. Им предстоит бороться с наркоторговцами, спасти от трансплантации на органы мальчика и распутать еще огромное количество дел.

В этом сезоне Сергей Глухарев, занимаясь поисками пропавшего мальчика, влюбится в его мать и ради нее соберется оставить работу и прекратить свои отношения с Зиминой. Но в результате автокатастрофы девушка погибает, а Сергей захочет усыновить ее сына, ставшего ему таким родным за это время. Но мальчика забирает отец, а Глухарев продолжает жить и работать дальше, признавшись во всем Зиминой.

Денис Антошин расстанется с Настей и начнет пить, а однажды придя пьяным на работу, с удивлением обнаружит, что уволен. Кроме этого, ему предстоит внедриться в банду крупного криминального авторитета, ради этого оставив друзей и возлюбленную.
В отношениях Коли и Марины тоже разлад – Коля недоволен постоянной занятостью Марины на работе, заставляя ее уволиться. А также продолжится запутанная история с убийством отца Коли. На квартиру Тарасова нападут, после чего Марина уедет жить к родителям, а Коля вместе с Глухаревым попытается разобраться в этом деле.

Все персонажи нового сезона предстанут с новой, до этого не показанной стороны. Кто-то станет жестче, кто-то наоборот мягче, но, несмотря, на все перемены, сериал по-прежнему хочется смотреть, не отрываясь до самого конца!